Процесс образования аквамарина в природе происходит в двух основных средах: 2

1. В гранитных пегматитах. 2 Горячая магма нагревает пегматит под землёй, вызывая химическое взаимодействие между минералами. 3 По мере медленного остывания магмы в трещинах и расщелинах породы начинают образовываться кристаллы. 3 Этот процесс может занять сотни тысяч лет. 3
2. В гидротермальных флюидах. 2 Горячие растворы, богатые минералами, перемещаются по трещинам и полостям в земной коре. 2 Растворенные элементы начинают выпадать в осадок из раствора и образовывать кристаллы, когда гидротермальные флюиды охлаждаются и вступают в контакт с нужными минералами и условиями. 2

Также аквамарин может формироваться в аллювиальных отложениях, когда горячая магма взаимодействует с песчано-гравийными месторождениями. 4