Переработка органических остатков в пресноводных экосистемах происходит благодаря бактериальному разложению (минерализации). 3 Этот процесс до конца не доходит, так как одновременно протекает процесс синтеза новой органической материи (процесс гумификации). 3

Источником автохтонного органического вещества являются продукты жизнедеятельности фитопланктона и других организмов, а также их остатки. 3 Отмершие водоросли и органические вещества, переносимые притоками воды в водоём, оседают на дно и подвергаются анаэробному сбраживанию, выделяя парниковые газы, такие как метан и CO2. 5

Также в пополнении запасов биогенных веществ в водоёмах играет азотфиксация за счёт жизнедеятельности сине-зелёных водорослей и бактерий. 2