Формирование озёр в Учалинском районе происходит в результате вертикальных движений земной коры. 1 В условиях развития равнинного рельефа в долинах рек образуются изолированные водоёмы различной эпохи плейстоцена. 1 На это влияют дифференцированные новейшие движения (поднятия) и изменившиеся климатические условия. 1

Некоторые озёра, например Мулдаккуль, формируются в переуглублённых долинах рек плиоценовых логов, приуроченных к тектоническим трещинам. 1

Также на формирование озёр в Учалинском районе влияет антропогенная деятельность. 4 Сточные воды горнодобывающих предприятий попадают в водоёмы и приводят к изменению качества воды, загрязнению прилегающих к озерам территорий и иногда заболачиванию. 4