Существует несколько теорий, объясняющих образование Японского моря в геологическом контексте: 14

• Идея И. И. Берсенева. 1 Образование глубоководных котловин Японского моря произошло из-за крупных расколов земной коры и горизонтальных движений по ним. 1 В позднем мелу эти движения сопровождались интенсивным излиянием базальтов. 1
• Точка зрения авторов тектонических карт Северной Евразии и Северо-Востока СССР. 1 На месте современного Японского моря в позднем мелу был сформирован гранитный слой, который в палеогене (олигоцене) в результате раздвига был разрушен. 1 Так возникла глубоководная котловина с корой океанического типа. 1
• Точка зрения с позиции новой глобальной тектоники. 1 Образование Японского моря рассматривается как результат субдукции океанической плиты в районе Японского глубоководного желоба и коллизии в пределах островной дуги, а также активного спрединга в задуговом бассейне. 1
• Гипотеза Л. А. Изосова с коллегами. 4 Тектоносфера Японского моря представляет собой вихревую структуру, которая сформировалась в результате бокового взаимодействия движущихся относительно друг друга Евразиатской и Тихоокеанской литосферных плит. 4

Формирование Японского моря происходило, главным образом, в олигоцене–миоцене и было связано с этапами мощного тектогенеза и проявлениями рифтогенного, спредингового и постспредингового вулканизма. 4