Процесс нитрификации по-разному влияет на экосистему водоёмов и почвы:

В водоёмах нитрификация способствует самоочищению экосистемы от ионов аммония. 2 В водных экосистемах, богатых растворённым кислородом, ионы аммония подвергаются быстрому окислению. 2 Перевод катиона в анион ведёт к подкислению вод и тем самым к повышению растворимости минералов (солей калия, магния, кальция и фосфорной кислоты). 2

В почве процесс нитрификации имеет как положительные, так и отрицательные стороны. 5 С одной стороны, благодаря жизнедеятельности нитрифицирующих бактерий газообразный аммиак фиксируется в нитраты, которые являются источником питания для растений. 1 С другой стороны, соли азотной кислоты легко вымываются из почвы в нижние почвенные горизонты и грунтовые воды, а также могут легко восстанавливаться в результате денитрификации, что обедняет почву азотом. 1

Кроме того, связанное с нитрификацией подкисление почвы улучшает растворимость и, следовательно, доступность некоторых жизненно необходимых элементов, в первую очередь фосфора и железа. 5