Природная среда влияет на чистоту и прозрачность озёр через различные механизмы, например:

• Геологический состав дна. 1 Например, гранитная основа Байкала не растворяется, что сохраняет воду чистой. 1
• Вертикальный водообмен. 1 Перемешивание слоёв воды в периоды ледостава обеспечивает высокую концентрацию кислорода. 1
• Природные фильтры. 14 Например, в Байкале чистоту озера поддерживают мельчайшие рачки — эпишуры, которые фильтруют воду, пропуская её через себя. 14
• Непроницаемый слой на дне. 3 В озере Маккензи прозрачность обусловлена непроницаемым слоем на дне, образованным песком и органическими веществами. 3 Этот слой выполняет функцию естественного фильтра, предотвращая стекание дождевой воды. 3

Однако не все озёра так же «стойкие». 1 Например, озеро Малави (Южная Африка) имеет повышенную сольность из-за особенностей циркуляции воды, что снижает её чистоту. 1

Кроме того, на чистоту и прозрачность озёр влияет антропогенное воздействие, например, выпас скота по берегам водоёмов и смывы с сельскохозяйственных угодий. 2 При этом в озеро поступают биогенные элементы, вызывая интенсивный рост биомассы, что приводит к снижению уровня растворённого кислорода в воде и быстрому эвтрофированию озера. 2