Пресноводные обитатели влияют на экологический баланс рек и озёр следующим образом:

• Обеспечивают сбалансированность биологического круговорота. 1 В естественных условиях гидробионты обеспечивают самоочищение экосистемы. 1
• Фильтруют воду. 2 Миллиарды микроорганизмов, растений, водорослей и животных очищают воду, фильтруя избыток питательных веществ, патогенные и загрязняющие вещества. 2
• Снижают скорость течения. 2 Прибрежные и водные растения улучшают устойчивость берегов, удерживают наносы, фильтруют питательные вещества и загрязняющие вещества. 2
• Предотвращают цветение водорослей. 2 Живые организмы в водоёме могут предотвратить, например, цветение водорослей. 2

Однако чрезмерное поступление питательных веществ в водоём может привести к эвтрофикации или «цветению воды». 5 Её вызывает интенсивное размножение водорослей, которые затем отмирают и начинают разлагаться, выделяя при этом пигмент и токсичные вещества. 5