Полушник озёрный стал объектом охраны в Красной книге России из-за сокращения его популяции. 4 Это связано с такими факторами, как нарушение гидрологического режима озёр, их загрязнение бытовыми и промышленными стоками, вытаптывание мелководий скотом. 4

Вид занесён в Красную книгу России со статусом «уязвимый» (2 (V)). 4 Для его сохранения необходимы меры по ограничению рекреационной нагрузки на побережья озёр, где произрастает это растение, исследование состояния всех ранее известных популяций вида и создание особо охраняемых природных территорий в уязвимых местах его ареала. 4

В Рязанской области полушник озёрный взят под охрану с 1977 года, озеро Светлое объявлено памятником природы. 2