Пещерные системы влияют на экосистему горных регионов следующим образом:

• В привходовой части пещеры повышенная влажность создаёт условия для развития водорослей, мхов и папоротников, а также некоторых цветковых растений. 2
• Пещера влияет на микроклимат прилежащей территории. 2 «Пещерное дыхание» отчасти компенсирует низкие зимние и высокие летние температуры. 2
• В пещерах формируются почвоподобные системы. 1 Они выполняют роль почв на дневной поверхности, оптимизируя среду контакта биоты и минерального субстрата в процессе производства первичной биомассы. 1
• В некоторых пещерах развиты процессы хемосинтеза. 24 Бактерии синтезируют органическое вещество, используя минеральные ресурсы пещер, выделяющиеся газы и растворённые в воде соединения. 2

Однако пещерные экосистемы чрезвычайно уязвимы. 2 Даже незначительное вторжение в такую экосистему, приводящее к изменению температуры, влажности, химического состава, может привести к гибели тысяч пещерных организмов. 2