Озеро Иссык-Куль влияет на климат вокруг себя следующим образом: горная котловина вокруг него создаёт на побережье озера тёплый и сухой климат. 1 Он мягче, теплее и влажнее, чем в других впадинах Тянь-Шаня, расположенных на той же высоте. 5

Со всех сторон озеро обступают горные хребты, которые защищают его от холодных и жарких пустынных ветров. 1 Поэтому здесь не бывает изнуряющего зноя и сильных морозов, а вода в озере не замерзает даже зимой. 1 Это связано с солёностью воды, большими запасами тепла, которые сохраняет толща воды, и относительно не холодными местными зимами. 2

Средняя температура января держится около нулевой отметки (−2°С…−6°С). 2 Обычная температура днём в летние месяцы около +20°С…+23°С, с лёгким бризом, а в июле нередко с грозами. 2