Озеро Аслыкуль положительно влияет на местную экосистему и флору. 15

Флора природного парка «Аслы-Куль» насчитывает более 500 видов высших сосудистых растений, в том числе 5 реликтов и 10 эндемиков. 2 На берегах озера обнаружено более 40 видов растений, занесённых в Красную книгу Республики Башкортостан. 1

Животный мир также богат: здесь обитают лось, кабан, косуля, красная лисица, заяц-русак, заяц-беляк, волк, корсак, обычный крот, во множестве водятся суслики, хомяки, несколько видов мышей-полёвок. 1 Во время пролёта на озере во множестве скапливаются различные виды водоплавающих птиц: серых гусей, уток, лебедей. 1

Однако есть и негативное влияние озера на местную экосистему: повышение уровня воды способствует активному разрушению берегов, а во время сильных волнений вдоль береговой линии повышается мутность воды. 4 Также уплотнение дорожного полотна у юго-западного берега озера привело к высыханию многих подземных родников, а талые весенние воды оказались искусственно отрезаны от водоёма. 2