Систематизация водных объектов в государственных реестрах, например в государственном водном реестре РФ, осуществляется по разделам, таким как «Водные объекты и водные ресурсы», «Водопользование» и «Инфраструктура на водных объектах». 12

В раздел «Водные объекты и водные ресурсы» включаются сведения: 12

• о бассейновых округах; 12
• о речных бассейнах; 12
• о водных объектах, расположенных в границах речных бассейнов, в том числе об особенностях режима водных объектов, их физико-географических, морфометрических и других особенностях; 12
• о категориях водных объектов или их частей для целей установления технологических показателей наилучших доступных технологий в сфере очистки сточных вод с использованием централизованных систем водоотведения поселений или городских округов. 12

В раздел «Водопользование» включаются сведения: 2

• о водохозяйственных участках; 2
• о водоохранных зонах и прибрежных защитных полосах, зонах затопления, подтопления, а также других зонах с особыми условиями их использования. 2

Реестр ведётся на бумажных и электронных носителях. 14 При несоответствии записей на бумажных носителях записям на электронных носителях приоритет имеют записи на бумажных носителях. 14