Биологическая защита экосистем осуществляется несколькими способами:

• Выделение особо охраняемых территорий. 14 Это участки на суше или в море, которые выделяются и функционируют в целях сохранения природного и культурного наследия. 4 Например, заповедники с жёсткими ограничениями на деятельность человека, национальные парки, заказники и памятники природы. 14
• Биологический мониторинг. 1 Это система слежения и контроля за состоянием сообществ и популяций живых организмов. 1 Задача мониторинга — выяснить тенденции и закономерности изменения сообществ и популяций, оценить перспективы их развития и разработать предложения по управлению экосистемами и популяциями. 1
• Применение биометодов. 2 Например, сохранение энтомофагов (хищных и паразитических членистоногих), обитающих в экосистемах, привлечение их в эти системы, внутриареальные переселения энтомофагов, использование муравьёв, позвоночных животных и энтомопатогенов (вирусов, грибов, бактерий, простейших, нематод). 2