Остров Майотта влияет на экологию Мозамбикского пролива следующим образом: прибрежные воды изобилуют ракообразными и рыбой, которые вылавливаются, покрывая собственные и экспортные потребности Майотты. 2

Кроме того, в водах Майотты обитает множество видов, неизвестных науке, так как этот регион ещё плохо изучен учёными. 1

Также растительный мир острова разнообразен: зарегистрировано более 1300 видов, половина из них эндемичны, что делает Майотту одним из самых богатых по разнообразию растений в мире по сравнению с его размерами. 1

Для сохранения экологии на острове есть охраняемые территории, например, морской природный парк Майотта, Пуанты и пляжи Сазили и Шарифу, а также национальный природный заповедник Илот Мбузи. 1