Движение поездов дальнего следования через Восточный вокзал организовано следующим образом: из-за отсутствия съезда с МЦК на Октябрьскую железную дорогу (ОЖД) со стороны вокзала поезда вынуждены двигаться дальше по МЦК после Окружной до Лихобор и Коптево, где меняют направление для движения к съезду на ОЖД. 1 В обратном направлении — так же. 1

Для поездов дальнего следования используется третий главный путь МЦК, съезды на который ранее были специально подготовлены и электрифицированы. 14 Включение в расписание поездов дальнего следования не влияет на пассажирские перевозки по МЦК. 14

Через Восточный вокзал проходят, например, транзитные составы из Мурманска и Санкт-Петербурга в Анапу, Адлер, Кисловодск, Челябинск, Владикавказ, Белгород, Волгоград, Махачкалу, Нижний Новгород, а также в Ейск, Иваново, Ижевск, Новороссийск, Сухуми, Самару. 5