Движение поездов через Восточный вокзал Москвы организовано следующим образом:

Из-за отсутствия съезда с МЦК на Октябрьскую железную дорогу (ОЖД) со стороны вокзала Восточный поезда вынуждены двигаться дальше по МЦК после Окружной до Лихобор и Коптево, где меняют направление для движения к съезду на ОЖД. 2 В обратном направлении — так же. 2

Для поездов дальнего следования используют третий главный путь МЦК, съезды на который специально подготовили и электрифицировали. 5

От вокзала к станции метро «Черкизовская» и МЦК «Локомотив» ведёт крытый пешеходный переход — пересадка занимает несколько минут. 1

Для пассажиров «Ласточек» сообщением Москва — Иваново и Москва — Нижний Новгород, прибывающих в Москву, транспортно-пересадочный узел Черкизово является конечной остановкой. 2