Образование залежей фосфоритов на континентальных окраинах и подводных горах связано с апвеллингом — подъёмом глубоководных течений, которые выносятся к прибрежным поверхностям. 1

Согласно наиболее распространённой биогенной гипотезе, формирование фосфоритов происходит так: высокая биологическая продуктивность фитопланктона обеспечивает накопление обогащённых подвижным фосфором биогенных осадков и формирование в них диагенетических фосфатных стяжений. 2

На континентальных окраинах фосфориты накапливаются в виде твёрдых оснований, конкреций и зернистых пластов. 1 Это происходит в результате выпадения карбонатного фторапатита во время раннего диагенеза в верхних слоях отложений толщиной в несколько десятков сантиметров. 1

На подводных горах фосфориты образуются совместно с железосодержащими и магнийсодержащими корками. 1 Продуктивность фосфора рециркулируется в рамках цикла восстановления фосфора при окислении железа. 1

На шельфах происхождение фосфоритов связывают также с транспортировкой фосфоритовых отложений с берега реками, размывом и вторичным обогащением обнажающихся на дне отложений. 2