Протоки в реках и озёрах образуются следующим образом:

• В понижениях рельефа поймы. 1 Это происходит при выходе воды на пойму и размыве её поверхности. 1 Обычно такой рукав превращается в главное русло, а старое главное русло отмирает. 1
• В устьях рек. 4 При отложении речных наносов русло реки разбивается на несколько рукавов, образуются дельты — расширенное устье реки треугольной формы, где русло делится на множество веерообразных рукавов и протоков. 4

Также протокой называют второстепенное, обычно менее многоводное русло реки при разделении его островами на несколько рукавов. 5

Таким образом, протоки могут образовываться в результате взаимодействия движущейся воды, перемещаемых водой наносов и слагающих ложе потока грунтов. 3