Агаты в природе образуются главным образом на поздних этапах вулканических процессов, связанных с излиянием лавовых потоков и деятельностью гидротерм. 1 Обычно они выполняют миндалины и трещины в андезитах, базальтах и риолитах. 1

Процесс формирования обусловлен ритмической коагуляцией золя кремнезёма в различных полостях, которые могут быть газовыми пузырями в лавах и твёрдых вулканитах или карстовыми пустотами в известняках. 2

В осадочных породах, например известняковых, агаты образуются путём мобилизации рассеянного в породах кремнезёма поровыми водами и отложения его в карстовых полостях. 2