Образование газовых гидратов может негативно влиять на стабильность экосистем водоёмов по следующим причинам:

• Выделение метана. 13 Даже незначительные изменения температуры и давления ведут к необратимому разрушению газогидратов с выделением метана. 3 Выделение большого количества метана может ускорить глобальное потепление. 3
• Дестабилизация морского дна. 2 Газогидраты играют важную роль в структурной устойчивости морского дна. 2 Их массовое извлечение может привести к оползням и разрушению морских экосистем. 2 В экстремальных случаях это может даже вызвать цунами в результате внезапного разрушения осадочных пород. 2
• Нарушение экосистем. 2 Районы залегания газогидратов часто богаты морской жизнью. 2 Процессы добычи могут нарушить хрупкие экосистемы, уничтожив редкие виды или повлияв на пищевые цепочки. 2