Образование жёлоба Пуэрто-Рико связано со сложным переходом между зоной субдукции с юга вдоль островной дуги Малых Антильских островов и зоной трансформного разлома (границей плит), простирающейся на восток между Кубой и Гаити через жёлоб Кайман к побережью Центральной Америки. 12
Жёлоб проходит по границе двух плит, которые движутся горизонтально относительно друг друга с небольшим компонентом субдукции. 12 Карибская плита движется на восток, а Северо-Американская плита — на запад. 12 Северо-Американская плита подминается Карибской плитой в юго-восточной части Карибского моря. 12