Озеро Могильное в Мурманской области образовалось в результате поднятия берегов — явления, широко распространённого в сравнительно недавнее геологическое время на побережье Крайнего Севера. 4

По мнению исследователей, впервые озеро появилось на острове Кильдин 3,5 тысячи лет назад, но спустя 1,5 тысячелетия перемычка, отделяющая озеро от моря, была размыта. 1

Учёные не пришли к единому мнению о происхождении Могильного озера: 3

• Некоторые считают, что оно — остаток древнего моря. 3 Возможно, когда-то акватория озера представляла собой тихую закрытую бухту. 3 После подъёма суши связь с морем нарушилась. 3
• Другие учёные полагают, что озеро возникло в результате соседства нескольких минеральных источников, совершенно разных по своему составу. 3

Могильное озеро — реликтовое, в нём установился баланс между пресной и солёной морской водой, что позволяет одновременно развиваться морским, солоноватым и пресноводным организмам. 14