Безопасность хранения данных в системах учёта ЕГАИС обеспечивается несколькими способами:

• Использование усиленной квалифицированной электронной подписи (КЭП). 2 Она нужна для входа в личный кабинет на портале ЕГАИС, а также для подписания электронных документов перед их фиксацией в системе. 2
• Получение сертификата для установки защищенного соединения с ЕГАИС (RSA-ключ). 2 Он также необходим для идентификации организации в системе. 2
• Перенос данных в зашифрованном виде. 1 В ЕГАИС отправляются зашифрованные чеки (копии файлов). 1 Если по какой-либо причине зашифрованный чек не отправился из универсального транспортного модуля (УТМ) на сервер ЕГАИС, он остаётся в специальной папке и не может быть отправлен повторно. 1

Кроме того, любая операция, влияющая на записи в регистрах и приводящая к изменению остатка алкогольной продукции, должна сопровождаться передачей данных в ЕГАИС. 2