Безопасность электронных налоговых деклараций в государственных органах, в частности в Федеральной налоговой службе (ФНС России), обеспечивается с помощью различных мер, среди которых:

• Введение персональной ответственности сотрудников за учёт, сохранность конфиденциальных документов и порядок обращения с ними. 1
• Разработка регламентированной технологии издания и обработки конфиденциальных документов, в том числе на стадии подготовки черновиков и проектов документов. 1
• Создание архивов документов ограниченного доступа, проведение регулярной экспертизы ценности документов и оценки возможности снятия отметки грифа конфиденциальности. 1
• Введение требований к условиям хранения документов ограниченного доступа и обращения с ними. 1
• Создание разрешительной системы доступа к документам ограниченного доступа и делам, обеспечивающей правомерное и санкционированное ознакомление с ними. 1
• Использование электронной цифровой подписи (ЭЦП) для подтверждения юридической силы электронного документа и обеспечения его целостности. 3 В документ, подписанный ЭЦП, невозможно внести изменения. 3
• Хранение секретных ключей налоговых органов так, чтобы ими никто посторонний не мог воспользоваться. 3 Прочитать информацию может только тот, кому налогоплательщик отдал свой ключ. 3

Кроме того, налоговый орган с помощью своего программного обеспечения осуществляет входной контроль полученных электронных документов, формирует квитанцию о приёме налоговой декларации или уведомление об отказе в приёме, подписывает её электронно-цифровой подписью должностного лица налогового органа и направляет налогоплательщику. 3