Москва-река влияет на экосистему региона как положительно, так и отрицательно.
С одной стороны, река и её берега — дом для большого количества видов рыбы, членистоногих, животных и птиц. 3 На берегах встречаются редкие виды птиц и млекопитающих. 3
С другой стороны, из-за высокой антропогенной нагрузки Москва-река загрязняется. 2 В неё сбрасывается большинство стоков столицы и населённых пунктов Московской, Смоленской и Тверской областей. 2 Загрязнения накапливаются на дне реки в виде отложений ила — источника вторичного загрязнения. 2
Некоторые факторы, влияющие на неблагоприятное экологическое состояние Москвы-реки:
От экологического состояния Москвы-реки зависит общее благополучие экологии как столицы, так и других населённых пунктов, расположенных в её бассейне. 2