Миссисипи оказывает как положительное, так и отрицательное влияние на экосистему региона, в котором протекает. 2

Некоторые положительные аспекты:

• Река обеспечивает среду обитания для различных видов, в том числе рыб, птиц и млекопитающих, выживание которых зависит от реки. 25
• Миссисипи — важный источник воды для орошения, что поддерживает сельское хозяйство и производство продуктов питания в регионе. 2
• Речные наносы переносят необходимые питательные вещества вниз по течению, обогащая почву на своём пути и поддерживая рост растительности. 2

Некоторые отрицательные аспекты:

• Река известна сильными наводнениями, которые наносят значительный ущерб окружающей среде и людям, проживающим в её притоках. 2
• Загрязнение и изменение русла реки приводят к эрозии и утрате мест обитания. 2
• Деятельность человека, такая как строительство дамб и освоение земель, уменьшила пропускную способность поймы, что привело к более сильным и частым наводнениям. 2

Миссури также влияет на экосистему региона, в частности:

• Изменение гидрологии реки и развитие поймы сильно изменило флору и фауну Миссури. 1
• Значительная часть естественной растительности вблизи реки уже давно заменена орошаемыми сельскохозяйственными угодьями. 1
• Повышенное содержание азота и некоторых других компонентов, причиной чего являются удобрения, вносимые на поля, является серьёзной проблемой, особенно в низовьях реки, а также в Миссисипи, ниже её слияния с Миссури. 1
• Строительство плотин и каналов и связанное с ними уменьшение количества переносимого материала является причиной уничтожения мест обитания многих рыб, птиц и земноводных. 1