Микроорганизмы-сапрофиты способствуют очистке окружающей среды от органических отходов путём разложения мёртвого растительного и животного материала. 3 Они выделяют ферменты, которые расщепляют сложные органические молекулы на более простые растворимые соединения. 3

В результате сапрофиты выделяют необходимые питательные вещества, такие как углерод, азот и фосфор, в окружающую среду, делая их доступными для других организмов. 3 Это помогает поддерживать здоровье и баланс экосистемы. 3

Кроме того, сапрофиты используются для утилизации органических отходов в промышленных и сельскохозяйственных отраслях. 1 В загрязнённую среду вносят высокие концентрации клеток специально научно отобранных или селекционированных микроорганизмов. 2 Они разрушают сложные органические вещества, усваивают продукты разложения и перерабатывают их в экологически безвредные продукты метаболизма: углекислый газ, воду, метан, гумус, различные формы азота. 2