Межень влияет на судоходство и экологию водоёмов следующим образом:

Для судоходства в период межени возникают проблемы с обеспечением надёжности работы водного транспорта вследствие сезонного уменьшения глубины водного потока. 1 Если эта глубина оказывается меньше осадки транспортных и пассажирских судов, то нарушается безопасность их движения и возникают предпосылки для аварийных ситуаций. 1

Для экологии в маловодные сезоны года водоносность рек может не обеспечивать должного разбавления сточных вод. 1 В результате снижаются качество воды и надёжность водоснабжения, повышается стоимость водоподготовки, ухудшаются экологические условия существования водных биоценозов. 1

Кроме того, при низких уровнях воды в реке её плесы могут превратиться в полупроточные водоёмы, в которых происходит цветение воды и развитие водной растительности. 5