Экология озера Гурон, как и других Великих озёр, претерпела значительные изменения за последнее столетие. 12 Некоторые из них:

• Изменение состава рыбного сообщества. 12 Изначально в озере доминировал озёрный голец-кристивомер, который питался озёрной сельдью и другими более мелкими видами рыб. 2 В 1930-х годах в озере стало много инвазионных видов, включая морскую миногу, сероспинку и корюшку. 24 К 1950 году озёрная форель была практически истреблена из-за чрезмерного вылова рыбы и воздействия морской миноги. 12 Несколько видов сельди исчезли в 1960-е годы, единственным оставшимся местным видом стала зобатая ряпушка. 2
• Появление новых видов. 1 В озеро Гурон завезли множество новых инвазивных видов, включая мидий-зебр и квагг, колючую водяную блоху и круглых бычков. 1
• Сокращение уловов некоторых видов рыб. 1 Например, значительно сократились уловы чавычи, а озерный сиг стал менее многочисленным. 1
• Попытки восстановления популяций рыб. 2 С 1960 года в озеро запускали искусственно выращенных мальков озёрной форели и неместных видов лосося, но результатом стало лишь незначительное размножение форели. 24

Однако есть и положительные изменения: например, сообщалось, что за последние несколько лет качество воды в озере Гурон стало лучше, благодаря повышению её качества в заливе Сагино. 3