Экосистема высокогорных озёр меняется в зависимости от высоты по нескольким направлениям:

• Преобладание определённых типов озёр. 1 В высокогорном ярусе рельефа обычно преобладают проточные пресноводные озёра. 1 В среднегорном ярусе возрастает количество бессточных и периодически сточных солоноватоводных озёр, которые достигают максимума в низкогорном ярусе. 1
• Осадконакопление. 1 Тип озерного осадконакопления и темпы аккумуляции отложений зависят от высоты озера над уровнем моря. 1 С высотой уменьшается площадь водосбора озёр, но возрастает интенсивность процессов выветривания и водно-ледниковой эрозии, что способствует увеличению потоков материала, поступающего в озёра. 1
• Гидробиологический режим. 3 Озёра, расположенные на различных высотных уровнях, отличаются гидробиологическим режимом. 3 Например, в нивально-гляциальной и альпийской зонах озёра относятся к ультраолиготрофным и не содержат высшей водной растительности и даже бентоса. 3 Озера, расположенные вблизи границы леса и в субальпийском поясе, — это олиготрофные водоёмы со слабыми элементами макрофлоры и слабым преобладанием фитопланктона над зоопланктоном. 3
• Время существования. 3 Время существования высокогорных озёр определяется их высотным положением (чем выше, тем дольше будет существовать). 3

На изменения экосистемы также влияют метеорологические условия, наличие питания за счёт ледников и снежников, морфологические особенности котловин, впадающие в озерный водоём речные потоки, затенённость склонов горных хребтов и другие факторы. 3