После прохождения паводка экология рек может меняться следующим образом:

• Ухудшается качество воды. 13 В неё попадают частицы почвы и растений с затопленных территорий, продукты антропогенной деятельности на берегах рек, мусор и загрязнения с городских, промышленных и селитебных территорий. 3 Особую опасность представляют собой аварийные разливы токсичных химических веществ, нефти и нефтепродуктов. 3
• Нарушается экосистема. 4 Токсичные вещества и низкое содержание кислорода в загрязнённой воде могут привести к гибели водных животных, таких как рыба, моллюски и ракообразные. 4 Также страдает флора: гибнут водные растения, которые являются основой водной пищевой цепи. 4
• Меняется среда обитания. 4 Загрязнение воды может изменить её, сделав непригодной для жизни. 4 Это приводит к миграции или гибели некоторых видов, а также к изменению структуры водных сообществ. 4
• Происходит потеря биоразнообразия. 4 Исчезают редкие и эндемичные виды растений и животных, которые особенно чувствительны к изменениям окружающей среды. 4

Однако у наводнений есть и положительные стороны. 2 Например, русло рек промывается от наносов, прочищаются старицы и пополняются новой водой, пробиваются заломы, откладывается новый слой аллювиальной почвы. 2