Массовое размножение водорослей негативно влияет на работу гидротехнических сооружений следующим образом:

• Затрудняется работа водозаборных сооружений и фильтрация воды. 4 Скопления водорослей забивают поры фильтров, образуя на их поверхности слизистую, не проницаемую для воды плёнку. 34
• Возникает дефицит растворённого кислорода. 5 Он расходуется на дыхание водорослей и разложение отмершей органической массы. 5 Недостаток кислорода приводит к заморам рыб и других гидробионтов, а также тормозит процессы самоочищения и минерализации органического вещества. 5
• Вода приобретает неприятные запахи и привкусы. 34 Порой они исключают пригодность воды для питья. 3
• Повышенная концентрация солей приводит к образованию накипей и осадков в системе технического водоснабжения. 5

Кроме того, заросли водорослей на гидротехнических сооружениях могут ухудшать условия навигации и снижать пропускную способность каналов. 3