В последние десятилетия река Воронеж испытывает на себе негативное воздействие человека. 1 Речная долина застраивается, на территории поймы всё больше аграрных и промышленных предприятий, возводятся автомобильные и пешеходные мосты, прокладываются новые инженерные коммуникации. 1 Количество водопользователей за последние 20 лет увеличилось многократно. 1

Одно из последствий такого влияния — загрязнение воды. 12 Согласно гидрохимическому индексу загрязнения, вода в реке Воронеж соответствует IV классу качества, что означает «загрязнённая». 1 Например, в Липецке качество воды в реке в районе городских пляжей не соответствует санитарным нормам. 1

Также интенсивное использование реки и многих пойменных озёр в рекреационных целях может нанести вред речной системе. 3 Выведение в озёра и затоны сточных коллекторов, устройство на берегах летних лагерей могут свести к минимуму или совсем прекратить процесс самоочищения воды. 3

Для охраны реки от истощения и загрязнения предпринимаются соответствующие меры: обозначены водоохранные зоны и прибрежные полосы, в крупных промышленных центрах построены современные очистные сооружения, сокращены сбросы неочищенных сточных вод. 3