Лимнология помогает в охране и восстановлении озёрных экосистем несколькими способами:

• Прогнозирование реакции водоёмов на внешние воздействия. 1 Лимнологи изучают, как будет изменяться озеро при увеличении загрязняющих стоков или изменении климата. 1 Это позволяет контролировать состояние водоёма и при необходимости принимать меры для его сохранения. 1
• Оценка биоразнообразия. 23 Лимнологи не только измеряют количество популяций зоопланктона или промысловых рыб, но и определяют, сколько и как следует вылавливать рыбы, чтобы не нарушить всю экологическую систему водоёма. 23
• Разработка рекомендаций по рациональному использованию водоёмов. 5 Лимнологи изучают превращение веществ и энергии, что помогает разрабатывать рекомендации по использованию озёр и водохранилищ, прогнозировать возможные изменения гидрологических, гидрохимических и биологических режимов, вызванных их эксплуатацией. 5
• Оценка качества воды. 5 В связи с загрязнением озёр и водохранилищ одним из главных направлений лимнологии становится решение проблемы оценки, прогноза и охраны качества воды в водоёмах. 5
• Моделирование внутриводоёмных процессов. 5 Лимнологи создают модели озёр, в которых воспроизводится двух- и трёхмерная структура водной экосистемы и взаимосвязь физических, химических и биологических внутриводоёмных процессов. 5 Это позволяет определить оптимальный режим активного воздействия на экосистему с целью сохранения наилучшего качества воды. 5