Ледниковое происхождение повлияло на уникальную форму озера Селигер, придав ему извилистые берега с множеством мысов и заливов. 23

Около 20 тысяч лет назад на месте будущего озера началось таянье ледника. 2 Разлившаяся вода затопила все низкие места, впадины, выемки и русла древних рек. 2 Так и образовался Селигер с его причудливой формой, множеством озёр и островов. 2

Кроме того, из-за ледникового происхождения дно Селигера крайне неоднородно, изобилует резкими подъёмами и впадинами. 2 Где-то оно покрыто камнями, где-то — песком. 2 Периодически встречаются отдельные крупные валуны. 2