Красноярская ГЭС влияет на экологию региона, регулируя водный режим Енисея — крупнейшей реки края. 12 Поэтому одна из приоритетных задач гидроэлектростанции — снизить любое негативное влияние до минимума. 1

Некоторые меры, которые предпринимаются для этого:

• Проведение исследований и анализов воды из источников снабжения гидроузла ГЭС — Красноярского водохранилища, дренажных и ливневых вод. 1
• Контроль содержания примесей в хозяйственно-бытовых стоках, передаваемых на очистные сооружения, и замеры фильтрационных расходов. 1
• Разработка плана ликвидации аварийного разлива нефтепродуктов во избежание загрязнения речной воды. 2
• Ежегодное восстановление фауны Енисея. 2 В июне в реку выпускают миллионы мальков ценных пород рыб, которых специально выращивают на Абаканском рыбзаводе для этих целей. 2

Кроме того, естественным фильтром для воды стало само водохранилище, поэтому вода чистая и до плотины, и после неё. 4