Климатические условия влияют на солёность воды в озере Балхаш через процесс испарения. 1 Почти вся поступающая в озеро вода расходуется на испарение. 1

В условиях затруднённого водообмена между западной и восточной частями Балхаша через пролив Узун-Арал в них создаётся различный солевой режим и разная степень минерализации воды. 1

В восточной части озера минерализация воды превышает 4 г/л. 1 Западная часть, под влиянием обильного притока сравнительно слабо минерализованных вод реки Или, сильно опреснена. 1 Минерализация воды в этой части не превышает 0,5–1,5 г/л. 1

Кроме того, ветер, сухой климат и высокие летние температуры приводят к высокой скорости испарения — 950 мм в холодные и до 1200 мм в засушливые годы. 2