Климат Восточного Саяна влияет на формирование растительности и природных зон следующим образом:

• В начале позднеледникового времени умеренно-холодный и влажный климат был благоприятен для развития тундрово-степной растительности с участием ели, пихты и лиственницы. 1
• Более тёплый и сухой климат среднего голоцена привёл к отступлению темнохвойных лесов из бассейна оз. Каскадное. 1
• Постепенное похолодание климата во второй половине нортгриппианской и первой — мегалайской стадии привело к отступлению верхней границы леса от озера и постепенному замещению в локальных древостоях пихты на лиственницу. 4
• Повышение континентальности климата на протяжении большей части мегалайской стадии в котловине и бассейне озера привело к исчезновению пихты, расширению площадей лугово-степной и болотной растительности на склонах разной экспозиции. 4

Более половины территории Восточного Саяна представлено горно-таёжными ландшафтами, значительную часть горной страны составляют высокогорные ландшафты. 2 Леса горно-таёжного пояса представлены тёмнохвойными елово-пихтовыми и светлохвойными лиственнично-кедровыми древостоями. 2

Выше 1500–2000 м встречается кустарниковая и мохово-лишайниковая каменистая горная тундра. 2 В западной части горной страны можно встретить субальпийские кустарники и луга. 2 Также распространены каменистые осыпи и курумы. 2

Кроме того, резкоконтинентальный климат Восточного Саяна значительно замедляет процессы формирования растительности на первичных вулканогенных экотопах. 35