Климат Черапунджи влияет на флору и фауну следующим образом:

• Для растительности характерны пышные и разнообразные долины вокруг города, которые содержат многочисленные эндемичные виды растений, в том числе субтропические леса Мегхалайя. 1 Однако на плато, где расположен Черапунджи, почвы бедные из-за вырубки лесов и размыва, вызванного обильными дождями. 1 Из-за зимних засух растительность в этом месте даже ксерофитная, несмотря на то, что город известен как чрезвычайно влажное место. 1
• Для животных неподалёку от Черапунджи зимуют сибирские серые утки и широконоски. 3

Черапунджи находится в зоне мягкого субтропического высокогорного климата с муссонными влияниями, типичными для Индии. 12 Лето здесь очень влажное и тёплое, зима сухая и мягкая. 12