Климат и природные условия влияют на животный мир в крупных морских заливах, например, через воздействие на температуру воды, ледовитость, туманы, силу ветров, штормы и ураганы, течения. 5

Изменение климата может негативно влиять на морскую фауну. 3 Потепление и кислотность морской воды приводят к тому, что у рыб и беспозвоночных животных снижаются шансы на выживание, повышается метаболизм и ослабевает структура. 3 Также изменение климата влияет на важные биологические функции рыб и беспозвоночных: физиологию, репродукцию, поведение и физическое развитие. 3

Загрязнение акватории морей также влияет на биоразнообразие видов флоры и фауны. 4 Морские рыбы и млекопитающие в заражённых водных экосистемах обречены на гибель, так как нарушаются цепи их питания и становятся непригодными места размножения. 4

Природные условия в разных заливах могут влиять на состав фауны по-разному, например:

• Фауна морей Берингова, Охотского и Японского отличается большим богатством и разнообразием в связи с существующими в этой части тёплыми и холодными течениями. 2
• Фауна Балтийского моря, особенно в заливах, отличается бедностью настоящими морскими формами. 2 Число этих форм по мере удаления от проливов, соединяющих Балтийское море с Атлантическим бассейном, быстро убывает, причём многие виды мельчают, моллюски получают тонкие раковины. 2
• В Чёрном море только верхний слой до глубин 170–180 метров насыщен благоприятным для жизни кислородом, который в глубоководных котловинах сменяется ядовитым сероводородом. 5 Эти слои воды практически лишены живых организмов. 5
• Мелководное Азовское море хорошо прогревается солнцем, а это крайне важно для быстрого роста молоди рыб. 5 Однако в результате строительства плотин на крупных реках, впадающих в Азовское море, в несколько раз сократился приток в него пресной воды, насыщенной кислородом и органическими веществами. 5 Повышение солёности морской воды привело, в свою очередь, к резкому сокращению количества рыбы. 5