Климат и геологическая история региона Великих Африканских озёр влияют на разнообразие флоры и фауны следующим образом:

• Климат. В высокогорье относительно прохладно, средняя температура колеблется от 17 до 19 °C, а осадков выпадает много. 1 В низменностях средняя температура около 35 °C. 1 В районе озера Туркана климат жаркий и очень сухой. 1
• Геологическая история. Уровень и очертания озёр неоднократно изменялись в зависимости от движений земной коры и колебаний климата, в первую очередь условий увлажнения. 4 В эпохи влажного климата размеры озёр увеличивались, и некоторые ныне изолированные друг от друга водоёмы сливались воедино. 4 Напротив, в засушливые эпохи площадь озёр сильно сокращалась, а многие из них вообще пересыхали. 4

Эти факторы наложили отпечаток на современный облик озёрных котловин и самих озёр, оказали влияние на развитие жизни в озёрных водах. 4