Водный режим реки Окаванго изменяется в соответствии с естественным циклом Африки, где сезон дождей сменяет период засухи. 2

В сезон дождей (пик приходится на январь и февраль) река наполняется дождевой водой. 1 Дожди начинаются в конце ноября и продолжаются до марта. 1

В засушливый сезон (август-октябрь) уровень воды в Окаванго самый высокий. 4 Многие протоки дельты пересыхают, рыба оказывается отрезанной от глубокой воды. 4

Наибольшее наводнение наблюдается между июнем и августом, в засушливые зимние месяцы Ботсваны. 5 В это время дельта Окаванго увеличивается в три раза по сравнению с её постоянными размерами. 5

Таким образом, во влажный сезон река наполняется водой и доносит её до дельты как раз к тому времени, когда там начинается засуха. 2