После строительства Иркутской ГЭС экосистема Байкала изменилась, в частности, произошли следующие изменения:

• Повышение уровня озера. 14 Создание Иркутского водохранилища привело к подъёму воды, который увеличил уровень Байкала примерно на один метр. 4
• Колебание уровня воды. 14 Сброс и удержание воды, необходимые для работы каскада гидроэлектростанций на Ангаре, ведут к колебанию уровня воды, что негативно сказывается на экосистеме озера. 4
• Затопление прибрежной территории. 3 Было затоплено 45–60 тыс. га, что составляет примерно 1,5–2% площади Байкала. 3
• Эрозия берегов. 3 Особенно заметны процессы эрозии берегов были на этапах первоначального заполнения водохранилища и поднятия уровня Байкала (1957–1959 гг.) и в первые годы искусственного зарегулирования озера. 3
• Изменение гидробиологических процессов. 3 Общее повышение уровня Байкала привело к поступлениям в него большого количества органики, к изменениям гидробиологических процессов в мелководной части озера. 3
• Сокращение численности некоторых видов. 4 Например, значительно сократилась численность бычка желтокрылки, что создало значительные проблемы с питанием для омуля. 4