Береговая линия Байкала менялась в результате различных геологических процессов, например:

• В конце третичного периода в результате крупных вертикальных перемещений по плоскостям разрывов образовались большие глубины во всех трёх впадинах Байкала и он соединился в единый водоём. 5 На берегах озера появились высокогорные хребты. 5
• С 60 до 30 тыс. лет назад произошло опускание дна на юге озера, образовался Лиственничный залив и исток реки Ангара. 2
• Во время Сартанского оледенения (от 25 тыс. до 12 тыс. лет назад) льды на Восточных Саянах достигали высоты в 1 км, озеро сильно обмелело. 5 В нём появились 2 сухопутных перешейка: в районе Академического хребта и между долинами рек Селенга и Бугульдейка. 5
• Примерно 78 тыс. лет назад на месте суходолов произошёл огромный разлом, который вызвал подъём горных хребтов и подпор пра-рек, котловины заполнились водой. 5 Общая площадь озера была в 2 раза больше современной и сократилась, лишь когда в результате землетрясения образовался естественный сток Байкала — река Ангара. 5

Кроме того, частые землетрясения способствовали обрушению береговой линии. 2

По оценкам учёных, облик и береговые линии Байкала ещё не раз изменятся в будущем, так как местность в Прибайкалье сейсмически очень активна. 3