Изменения в экосистемах могут существенно влиять на состав и плотность водных беспозвоночных, например:

• Загрязнение водоёмов. 45 Токсические загрязнения, включая тяжёлые металлы, приводят к уменьшению биоразнообразия и общей плотности беспозвоночных. 4 Сначала погибают самые чувствительные организмы, на смену им приходят менее прихотливые, но со временем могут исчезнуть и они. 4
• Повышение температуры воды. 4 Различные виды по-разному реагируют на повышение температуры, однако температура выше 30 °С становится для многих видов критической. 4
• Изменение характера грунта. 2 Состав и количество донных организмов сильно меняются вместе с характером грунта. 2 При переходе к грунтам совершенно иного типа, например от мягких илистых к каменистым или плотным искусственным субстратам, может произойти почти полная смена всего состава населения беспозвоночных. 2
• Сезонность. 1 Например, в летне-осенний период численность и биомасса водных беспозвоночных снижается. 1 Это связано с изменением абиотических условий среды и влиянием некоторых растений, таких как пузырчатка. 1

Таким образом, представители зоопланктона, зообентоса и их сообщества могут служить показателями тенденций в изменениях среды. 5