Чтобы избежать появления «чёрной ножки» на рассаде, рекомендуется:

• Использовать чистую почву. 2 Если почвосмесь готовится самостоятельно, её нужно пропарить, чтобы избавиться от патогенной микрофлоры. 2 Также можно использовать готовый грунт на основе торфа. 2
• Соблюдать нормы высева семян. 1 Чем реже они посеяны, тем крепче и здоровее будет рассада. 1
• Проводить умеренные поливы. 2 Даже для самых маленьких всходов поливы должны быть умеренными, нельзя допускать переувлажнения почвы. 2
• Регулярно проветривать парники и помещения, где происходит выращивание рассады. 4
• Обеспечить хороший дренаж в ёмкостях для рассады, чтобы избежать задержки влаги. 4
• Избегать удобрения растений свежим компостом или перегноем, так как они могут содержать бактерии и грибки. 4
• Поддерживать оптимальную температуру в помещении в зависимости от видов выращиваемых растений. 4
• Применять биопрепараты для профилактики заболеваний. 4
• Использовать дезинфицированные ёмкости для посадки семян. 4

Также профилактической мерой против «чёрной ножки» будет грамотная подкормка: не более четверти дозы стандартного растворимого удобрения и не более половины от рекомендованной дозы жидких листовых удобрений. 5