Использование реки Сакмары может негативно влиять на окружающую среду и экосистему. 2 Вот некоторые последствия:

• Загрязнение. 14 Высокая антропогенная нагрузка в верхней части бассейна, связанная с распашкой, широким применением минеральных удобрений и пастбищами, привела к загрязнению и почти полному уничтожению ихтиофауны в верхнем течении реки. 1
• Изменение гидрологического режима. 15 Строительство плотин в верхнем течении реки привело к резкому снижению летнего меженного стока. 1
• Негативное влияние разработки песчаных карьеров. 2 Изъятие больших объёмов аллювия из русла и поймы вызывает изменение гидравлической структуры речного потока и перестройку русла. 2

Для оптимизации природопользования в бассейне реки Сакмары рекомендуется, например, ограничить регулирование стока, сократить поступление загрязняющих веществ с объектов промышленного узла, ввести ограничения на распашку долинных типов местности и вырубку пойменных и водораздельных лесов. 13