Ильменский заповедник защищает редкие виды растений и животных следующим образом:

• Для охраны растений в заповеднике насчитывается 955 видов высших растений, из них 50 реликтов и свыше 20 эндемиков. 1 В Красную книгу Челябинской области включены 70 видов растений, 38 видов — в Красную книгу РФ. 4
• Для защиты животных проводятся рейды инспекторами по определённым маршрутам, устанавливаются информационные аншлаги о запрещении охоты, нахождения на территории заповедника с оружием, собаками, правилах поведения. 4 Также осуществляется контроль за численностью диких животных методами зимнего маршрутного учёта, фоторегистрации ключевых участков. 4
• На территории заповедника запрещено ловить рыбу, охотиться на животных, сорить, заниматься сбором грибов и ягод, портить природу и разжигать костры (разводить огонь можно только в мангалах). 5