Хозяйственное использование реки Муррей влияет на её экосистему следующим образом:

• Изменение естественного течения. 4 Для целей орошения и водоснабжения на Муррее построено несколько дамб, что привело к созданию стоячих водоёмов и сказалось на многих видах местной фауны и флоры. 4
• Интродукция инвазивных видов. 4 Неконтролируемое распространение в реке инвазивных животных и растений может привести к нарушению естественного баланса и уменьшению биоразнообразия реки. 4
• Засоление засушливых земель. 2 Орошение привело к засолению засушливых земель, что угрожает сельскохозяйственной отрасли. 2

Для сохранения экосистемы реки Муррей проводятся различные мероприятия и программы по очищению воды и реконструкции естественного русла, осуществляется контроль за вредителями и инвазивными видами. 4