Хемосинтезирующие бактерии положительно влияют на экологию водоёмов: 2

• Участвуют в круговороте серы, азота, железа и других химических элементов. 2 Например, нитрифицирующие бактерии превращают аммиак в нитриты и нитраты, усваиваемые растениями. 2
• Уничтожают ядовитые вещества. 2 Так, серобактерии окисляют сероводород, а нитрифицирующие бактерии — аммиак, который образуется при гниении белков в водоёмах. 45
• Способствуют образованию месторождений. 24 Благодаря жизнедеятельности железобактерий на дне болот и морей возникают крупные месторождения руд железа и марганца. 4

Кроме того, хемосинтезирующие бактерии образуют новое органическое вещество за счёт окисления химических соединений, которые выносит горячая вода, например, в гидротермальных оазисах. 3